| Les deux révisions précédentesRévision précédenteProchaine révision | Révision précédente |
| imagej [Le 30/03/2025, 09:42] – coquille Peregrinis | imagej [Le 30/03/2025, 10:25] (Version actuelle) – continuation Peregrinis |
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| * [[https://imagej.net/software/imagej2/|ImageJ2]], une version spécialisée dans l'imagerie scientifique qui comprend des fonctionnalités supplémentaires. | * [[https://imagej.net/software/imagej2/|ImageJ2]], une version spécialisée dans l'imagerie scientifique qui comprend des fonctionnalités supplémentaires. |
| * [[https://imagej.net/software/fiji/|Fiji]], un fork communautaire de ImageJ et ImageJ2 qui regroupe de nombreux plugins, comporte une fonction de mise à jour automatique et offre une documentation complète. Fiji se compare à ImageJ comme Ubuntu se compare à Linux. | * [[https://imagej.net/software/fiji/|Fiji]], un fork communautaire de ImageJ et ImageJ2 qui regroupe de nombreux plugins, comporte une fonction de mise à jour automatique et offre une documentation complète. Fiji se compare à ImageJ comme Ubuntu se compare à Linux. |
| | * [[https://imagej.net/software/bio7|Bio7]], un fork dédié aux sciences de la terre et de l’environnement. |
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| ===== Utilisation===== | ===== Utilisation===== |
| Lancer l'application comme indiqué [[tutoriel:comment_lancer_application|ici]]. | Lancer l'application comme indiqué [[tutoriel:comment_lancer_application|ici]]. |
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| De très nombreux tutoriels sont disponibles [[https://imagej.net/tutorials/|sur le site officiel]] dont [[https://imagej.net/ij/docs/guide/user-guide.pdf|le guide utilisateur officiel]] (en anglais). De nombreuses universités et scientifiques ont également publié des tutoriels et des cours. Citons comme première approche le [[https://www.youtube.com/watch?v=bBGi12bO_t0|tutoriel vidéo d'Audrey Dussutour]] où elle explique comment participer à l'étude du Blob grâce à ImageJ. Pour une approche plus complète en français, voir le [[https://www.infinity.inserm.fr/wp-content/uploads/2021/06/Formation-ImageJ.pdf|manuel d'analyse d'images publié par l'Inserm]]. | De très nombreux tutoriels sont disponibles en anglais [[https://imagej.net/tutorials/|sur le site officiel]] dont [[https://imagej.net/ij/docs/guide/user-guide.pdf|le guide utilisateur officiel complet]]. Pour une première approche, consulter [[https://imagej.net/ij/docs/pdfs/ImageJ.pdf|cette description]] et [[https://imagej.net/ij/docs/pdfs/examples.pdf|ces exemples]]. |
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| | De nombreuses universités et scientifiques ont également publié des tutoriels et des cours. Citons comme première approche le [[https://www.youtube.com/watch?v=bBGi12bO_t0|tutoriel vidéo d'Audrey Dussutour]] où elle explique comment participer à l'étude du Blob grâce à ImageJ. Pour une approche complète en français, voir le [[https://www.infinity.inserm.fr/wp-content/uploads/2021/06/Formation-ImageJ.pdf|manuel d'analyse d'images publié par l'Inserm]]. |
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| Une liste de plugins qui permettent d’ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ est disponible sur [[https://imagej.net/ij/plugins/index.html|le site officiel]]. Parmi eux, citons [[https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/about/index.html|Bio-formats]] qui permet de lire la plupart des formats d'image propriétaires obtenus avec les microscopes et [[https://imagej.net/ij/plugins/3d-viewer/index.html|Image 3D viewer]] qui permet la visualisation 3D (nécessite Java 3D). Ces deux plugins sont préinstallés dans Fiji. | Une liste de plugins qui permettent d’ajouter de nouvelles fonctions à ImageJ est disponible sur [[https://imagej.net/ij/plugins/index.html|le site officiel]]. Parmi eux, citons [[https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/about/index.html|Bio-formats]] qui permet de lire la plupart des formats d'image propriétaires obtenus avec les microscopes et [[https://imagej.net/ij/plugins/3d-viewer/index.html|Image 3D viewer]] qui permet la visualisation 3D (nécessite Java 3D). Ces deux plugins sont préinstallés dans Fiji. |
| * **(en)** [[https://imagej.net/software/imagej/|Site officiel]] | * **(en)** [[https://imagej.net/software/imagej/|Site officiel]] |
| * **(en)** [[https://imagejdocu.list.lu/start|Wiki]] | * **(en)** [[https://imagejdocu.list.lu/start|Wiki]] |
| | * **(fr)** [[https://fr.wikipedia.org/wiki/ImageJ|Wikipédia]] |
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