Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- r [Le 11/09/2021, 17:12] – [Via un mirroir du CRAN (version plus récente)] 90.37.137.21
+++ r [Le 25/06/2026, 16:58] (Version actuelle) – [Ajout d'une bibiothèque] bcag2
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 # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos
 # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
-# Fingerprint: 298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
+# Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
 wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc
 # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed
 add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"
 </code>
-<del>Afin de disposer de la version la plus récente de **R**, il faut ajouter un dépôt aux sources de logiciels selon la syntaxe suivante :
-<code bash>
-sudo add-apt-repository "https://<miroir.cran>/bin/linux/<version.ubuntu>/"
-</code>
-Une liste des miroirs du CRAN est disponible [[https://cran.r-project.org/mirrors.html|ici]]. La commande doit donc ressembler à cela :
-<code bash>
-sudo add-apt-repository "deb https://stat.ethz.ch/CRAN/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/"
-</code>
-**Sous Bionic**, utiliser la commande ci-dessous pour accéder au miroir le plus proche :
-<code bash>
-sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
-</code>
-Ensuite, il faut rajouter la clé du serveur :
-Sous Xenial :
-<code bash>
-sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
-</code>
-**Sous Bionic :**
-<code bash>
-sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
-</code>
-Enfin, on met à jour la liste des paquets et on installe **R** normalement :
-<code bash>
-sudo apt update
-sudo apt install r-base r-base-dev
-</code>
-** [[https://forum.ubuntu-fr.org/viewtopic.php?pid=22063910#p22063910|A la date du 07/03/2019]] **
-<code bash>cat /etc/lsb*
-DISTRIB_ID=Ubuntu
-DISTRIB_RELEASE=18.04
-DISTRIB_CODENAME=bionic
-DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 18.04.2 LTS"
-</code>
-<code bash>R
-R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
-Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
-Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
-</code>
-<code bash>
-dpkg -l | grep libcur
-ii  libcurl3-gnutls:amd64                      7.58.0-2ubuntu3.6                            amd64        easy-to-use client-side URL transfer library (GnuTLS flavour)
-ii  libcurl4:amd64                             7.58.0-2ubuntu3.6                            amd64        easy-to-use client-side URL transfer library (OpenSSL flavour)
-</code>
-</del>
 ==== Installer une interface graphique ====
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 [[https://www.activestate.com/komodo-ide/downloads/edit|Komodo Edit]] est un éditeur polyvalent et //open-source//  qui peut être mis en interface avec R grâce au module complémentaire [[http://www.sciviews.org/SciViews-R/|SciViews-R]].
 [[http://www.rstudio.org/|RStudio]] est un nouvel environnement de développement intégré. RStudio propose de nombreuses fonctionnalités intéressantes, telles la coloration syntaxique, la gestion des fichiers Sweave et LaTeX, un tableur, un gestionnaire de librairies, etc. Pour l'installer, il suffit de télécharger le fichier .deb sur le site de [[http://www.rstudio.org/download/desktop|RStudio]] et de l'ouvrir à l'aide de la logithèque Ubuntu (option par défaut).
 [[http://rkward.sourceforge.net/|RKward]] est une interface graphique de R pour KDE. [[:tutoriel:comment_installer_un_paquet|Installez le paquet]] **[[apt>rkward]]** pour en bénéficier.
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 [[http://rgedit.sourceforge.net/|rgedit]] est un plugin pour utiliser R avec [[gedit]]. Pour l'installer, télécharger la dernière version sur le site, extraire les fichiers dans .gnome2/gedit/plugins puis activer le pluging dans gedit, Édition-> Préférences->Greffons
 [[http://www.walware.de/goto/statet|StatET]] est un plugin pour utiliser R avec Eclipse. Il permet une reconnaissance syntaxique, offre un explorateur d'objet... Pour l'utiliser il faut installer le package rJava au préalable.
 On peut aussi utiliser [[:emacs]] avec le mode ESS (emacs speaks statistics).
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 Comme première approche, on peut simplement regarder les démonstrations des fonctionnalités du logiciel:
 <code>R
-   R version 2.8.1 (2008-12-22)
+   R version 4.3.3 (2024-02-29)
   [skip]
    > demo() #montre toutes les démos disponibles
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 Vous pourrez ensuite faire les mises à jours nécessaires des bibliothèques.
+==== Ajout d'une bibiothèque ====
+<code>
+sudo R
+# puis par exemple pour installer la bibliothèque stringr (le `>` en début de ligne est pour reproduire qu'on est dans R est non plus dans le shell) :
+> install.packages('stringr')
+# on peut lister les bibliothèques installées avec :
+library()
+</code>
+<note tip>si vous avez besoins de paquets particuliers (par exemple //tidyverse//), cela peut-être plus compliqué((https://stackoverflow.com/a/79966883/6614155))… la mise en œuvre d'un conteneur [[:docker]] peut-être plus approprié</note>
 ===== Premiers pas =====
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 ==== En anglais ou autre ====
   * Vous trouverez la documentation officielle [[http://cran.univ-lyon1.fr/manuals.html|ici]].
-  * On peut aussi consulter le wikibook [[http://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|R programming]].
+  * On peut aussi consulter le wikibook [[https://en.wikibooks.org/wiki/R_Programming|R programming]].
 ===== Aide et support =====
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   * [[https://larmarange.github.io/analyse-R|analyse-R]] une série de tutoriels très complets et accessibles aux débutants sur l'analyse de données avec **R**
   * [[http://abcdr.guyader.pro/|L'abcdR]] scripts et astuces **R**
-  * [[http://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php|Forum Web]] hébergé par le Cirad
+  * [[https://forums.cirad.fr/logiciel-R/index.php|Forum Web]] hébergé par le Cirad
   * [[http://www.developpez.net/forums/f1179/autres-langages/autres-langages/r/|Forum Web]] du site developpez.net
   * Canal IRC francophone sur R : #Rfr sur irc.freenode.net, ou via une [[http://java.freenode.net/index.php?channel=Rfr|interface Web]] (en Java)

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