Python est un langage de programmation interprété, orienté objet, dont l'utilisation va des scripts systèmes aux applications web.
Il est régi par une licence libre proche de la licence BSD et fonctionne sur la plupart des plateformes.
Par défaut, Python est installé sur Ubuntu. Saisir python3 dans un terminal donne donc accès à l'invite de commande Python. Pour connaître votre version de Python installé, entrez python3 -V dans le terminal.
Python est aussi un écosystème modulaire, qui propose une importante quantité de bibliothèques dont peut dépendre chaque script. Celles-ci sont centralisées sur le dépôt PyPI est peuvent être gérées avec pip3.
Sur Ubuntu, Python est étroitement lié au système. Pour une utilisation avancée on évitera donc d'utiliser la version native, installée par défaut (donc la commande python3), ou pip3, son gestionnaire de dépendance associé.
C'est là qu'intervient pipx (ou ses équivalents) :
pipx permet d'exécuter chaque script Python dans un environnement isolé, ce qui permet d'utiliser les versions de son choix avec les dépendances de son choix sans interférer avec le système (à la manière de containers, en plus simple).
Pour lancer un script local incluant une dépendance avec pipx, la commande sera par exemple :
pipx run --spec dependence python3 script.py
où dependence est une bibliothèque Python dont dépend script.py.
Les logiciels pour éditer des scripts python :
| Nom | Cross Platform | Commercial ou Free | Auto Code Completion | Multi-Language Support | Integrated Python Debugging | Error Markup | Source Control Integration | Smart Indent | Bracket Matching | Line Numbering | UML Editing or Viewing | Code Folding | Code Templates | Unit Testing | GUI Designer | Integrated DB Support | Rapid Application Development | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Nom | CP | C/F | AC | MLS | PD | EM | SC | SI | BM | LN | UML | CF | CT | UT | UID | DB | RAD | comments |
| BlackAdder | Y | C | Y | Y | ||||||||||||||
| BlueFish | L | |||||||||||||||||
| Boa Constructor | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||
| ConTEXT | W | C | ||||||||||||||||
| DABO | Y | |||||||||||||||||
| DreamPie | F | |||||||||||||||||
| Dr.Python | F | Y | ||||||||||||||||
| Editra | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||
| Emacs | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||
| Eric Ide | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y¹ | Y² | ¹QtDesigner ²Navigateur SQL intégré | |
| E-Texteditor | W | |||||||||||||||||
| Geany | Y | F | Y* | Y | Y | Y | Y | Y | * very limited | |||||||||
| Gedit | Y | F | Y¹ | Y | Y | Y | Y | Y² | ¹ with plugin ² sort of | |||||||||
| Idle | Y | F | Y | |||||||||||||||
| JEdit | Y | F | Y | Y | Y | Y | ||||||||||||
| KDevelop | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| Nom | CP | C/F | AC | MLS | PD | EM | SC | SI | BM | LN | UML | CF | CT | UT | UID | DB | RAD | comments |
| Komodo | Y | C/F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||
| NetBeans | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||
| NotePad++ | W | F | Y | Y | ||||||||||||||
| Pfaide | W | C | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||
| PIDA | LW | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| PTVS | W | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y* | Y | |||||
| PyCharm | Y | C | Y | Y* | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||
| PyDev(Eclipse) | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||
| Pyscripter | W | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||
| PythonWin | W | F | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||||
| SciTE | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| ScriptDev | W | C | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||
| SPE | F | Y | Y | |||||||||||||||
| Spyder/spyderlib | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| Sublime Text | Y | C | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| TextMate | M | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||||
| UliPad | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||||||
| Vim | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||
| VS Code/Codium | Y | F | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | module python pour codium/VSC | ||||
| WingIde | Y | C | Y | Y* | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | Y | |||||
| Zeus | W | C | Y | Y | Y | Y | Y | Y | ||||||||||
| Nom | CP | C/F | AC | MLS | PD | EM | SC | SI | BM | LN | UML | CF | CT | UT | UID | DB | RAD | comments |
Acronymes:
Les logiciels et librairies pour créer des interfaces graphiques pour python:
Depuis Ubuntu bionic 18.04, Python 3 est installé par défaut et est accessible via la commande python3.
Actuellement, Ubuntu 24.04 est livrée avec Python 3.12.
Il faut souvent ajouter des modules (bibliothèques) à l'installation de base. Cela peut-être fait via les suites d'outils anaconda ou miniconda évoquées ci-dessous, mais si vous n'avez besoin que de quelques modules, il est possible de les ajouter avec le gestionnaire de paquets python PIP, par exemple, pour installer le module PySerial (communication série)
pip install pyserial
Pour lister les modules installés :
pip list
On peut ajouter l'option –local pour ne lister que ceux installés localement (dans $USER/.local/bin)
Sans l'option ci-dessus, il y en a beaucoup, aussi un pipe avec grep peut être utile !
pip list | grep pyserial
Pour installer IDLE, il suffit d'installer idle-python3.xx où 3.xx est la version que l'on a de python et on l'exécute en utilisant ce même nom.
Voici les instructions pour installer IPython et Jupyter :
pip3 install jupyter pip3 install ipython
Pixi semble être la solution la plus ergonomique pour gérer des environnements conda sans Anaconda ni Miniconda. Pixi présente pas mal d'avantages (https://prefix.dev/blog/pixi_a_fast_conda_alternative) et est très orienté science (https://prefix.dev/blog/pixi_for_scientists)
Enfin, il faut surtout désactiver le canal "defaults" des environnements conda en mettant "nodefaults" à la place (par exemple : https://github.com/pierrepo/env-logiciels-bioinfo/blob/main/cours/rnaseq.yml). En effet, conda va toujours utiliser ce canal "defaults" qui appartient à Anaconda.
Anaconda est une suite d'outils (plus de 200 paquets et plus de 500Mo) allant de l'éditeur Spyder au framework Qt et PyQt, en passant par jupyter pour les notebook, et de nombreuses librairies de programmation, pip et pep8…
Pour l'installer, reportez-vous à la page dédiée sur le site officiel:
https://docs.anaconda.com/anaconda/install/linux
La liste des paquets installés est visualisable via anaconda-navigator puis Environnements. En cas de soucis, pensez à mettre à jour le navigateur:
conda update anaconda-navigator
Attention, l'installation d'Anaconda peut entrer en conflit avec la version système de Python et ainsi causer problème avec certaines applications. Des problèmes ont été rencontrés avec les applications suivantes:
Avec Pixi1) , on peut complètement éviter de dépendre des serveurs de l'entreprise Anaconda et à la place dépendre des serveurs de Prefix (l'entreprise allemande derrière mamba et Pixi).
Pour l'installer :
curl -fsSL https://pixi.sh/install.sh | sh # ou avec wget : wget -qO- https://pixi.sh/install.sh | sh
Facile à mettre à jour en relançant l'installation ou
pixi self-update
Également basé sur le canal Anaconda. Les réserves exprimées ci-dessus sont donc également vraies pour Miniconda.
Miniconda permet de limiter le nombre de paquets ou de n'installer que le strict nécessaire. Ça n'installe que le gestionnaire de paquet conda
De nombreuses ressources sont disponibles sur le web pour apprendre à programmer en Python, reportez-vous aux liens de cette page
PDB est une solution de débuggage en ligne de commande similaire à GDB
Pour pouvoir l'utiliser, il suffit d'ajouter en début de votre fichier python la ligne:
import pdb; pdb.set_trace() # pour débugger… en ligne de commande !-)
Le pdb.set_trace() peut-être mis plus tard dans le code !
Reportez-vous à la doc de GDB ou à la doc officielle pour débugger (point d'arrêt, raccourcis…)
Voici la liste des pages de la documentation présentant les logiciels liés au langage Python :
Contributeurs : draco31.fr, René Stoecklin, bcag2, krodelabestiole.